企業併購交易涉及龐大的金額，稽徵機關往往採取較嚴格的審查標準看待企業併購所衍生的稅捐減免，其中「商譽」是爭議最多的問題。通俗地說，商譽代表一種超額的獲利能力，但是什麼叫做「超額獲利能力」，很難說得清楚。A公司願意用150萬買B公司，B公司可辨認淨資產的價值僅100萬，差額的50萬代表B公司有一些特別價值，但是由於無法用會計的形式表現在報表上，往往受到稅捐機關與法院的質疑。因此「商譽」如何認定、如何認列、舉證責任何在，在併購實務中對企業造成最大的困擾，無論從企業營運策略、會計或法律層面而言，都不得不深入探討。若因課稅需求而質疑企業過往併購之合理性，勢必影響我國企業併購市場的發展。如何從徵納雙方及法院的角度解決目前爭議，避免政府過度介入企業間慣常的營運與發展，實應予深思。